昭和57年度の日本カトリック大学連盟総会において、加盟大学図書館間の相互協力について問題提起がなされた。それを受け、同年にその具体策について話し合うため聖心女子大学において、カトリック大学図書館相互協力打合せ会が開催された。当時は、日本のカトリック大学の歴史が浅く、各大学の図書館も十分に整備されているとは言えないものであった。そこで、国内のカトリック大学図書館の協力を目指して、財政的協力・分担収集・閲覧利用等の図書館相互利用等の可能性を検討することを方針として決めた。その当時は国家主導の図書館協議会がいくつか立ち上げられていたが、民間主導で図書館間の協力体制を作ることに意義を見いだし動き出した。

さらに、私学経営の困難さを克服するため、カトリックにより結ばれた信頼感を土台とし、自主的な定期会合を持ち、世話役を当番校制とすること等を決めていった。その翌年には清泉女子大学を会場とし、具体的な相互利用等の協力体制について話し合われた。

昭和59年度には、協議会の名称をカトリック大学連盟図書館協議会とすることを決定し、会則を定めた。また、同年より実務者を対象とする実務研究会の開催を始めた。以後、毎年、総会と実務研究会を実施し、図書館間の協力と情報交換を継続している。

2021年度には、カトリック大学連盟とカトリック短期大学連盟の統合により協議会の名称を、カトリック大学・短期大学連盟図書館協議会とすることを決定した。